Le corps du goujon est allongé et couvert de grandes écailles. Son dos, légèrement bossu, est porteur d’une courte mais haute nageoire.
Cette dernière ainsi que la nageoire anale ont des taches noires. Le dos varie du gris jaunâtre au brun verdâtre.
Les flancs plus clairs sont marqués de taches brunes, également réparties sur toute la longueur de la ligne latérale.
Le ventre grisâtre plus ou moins jaune, rose ou bleu, porte des reflets argentés. La tête, longue et massive, se termine par un museau rond et une bouche protactile munie à ces commissures de deux barbillons.